Франция, 1760-е годы. Сюзанна (Полин Этьенн) — красивая девушка из буржуазной семьи с природным даром к музыке. Несмотря на свою веру, она потрясена, когда родители отправляют ее в монастырь, ожидая, что она станет монахиней. Поначалу Сюзанна противится монастырским правилам, но вскоре выясняет, что она — незаконнорожденный ребенок, и у нее не остается другого выбора, кроме как принять обет и нести страдания за грехи матери.
Вскоре она желает свернуть с религиозного пути и хочет взять назад обет, но мать-настоятельница, утешавшая и поддерживавшая ее, умирает. Ее преемница, сестра Кристина (Луиза Бургуэн), проявляет склонность к садизму и жестокости и подвергает Сюзанну самым беспощадным унижениям, лишая ее еды и одежды. Наконец Сюзанну перенаправляют в другой монастырь, где она встречает другую мать-настоятельницу (Изабель Юппер), с которой у них возникает запретная и очень чувственная связь...
Фильм «Монахиня», экранизация одноименного романа Дени Дидро, рассказывает о женщине, пытающейся противостоять навязанным религиозным ценностям, и о том, как бесчеловечна бывает жизнь в уединении.