Экспозиция музея формировалась с 1837 года, к началу ХХ века осев в десятке небольших музеев по всему городу. При Советах объединили, а ныне музей занимает два здания. На первом этаже гигантской многоэтажки у площади Ленина, где подъезд с якорями, — экспозиции о природе и с овременной истории, а в Гостином Дворе — экспозиция поморской культуры XV–XVII веков: карты, лоции, инвентарь, макеты судов и Гостиного двора, народные костюмы и прочее.