Мечеть построили по просьбе двухсот верующих мусульман на магометанском кладбище. Во-первых, три действующих соборных мечети уже не могли вместить всех желающих, во-вторых, верующие просили открыть мечеть именно на кладбище — здесь, по закону шариата, оставшиеся в живых мусульмане обязаны молиться и читать Алкоран. Строительство затянулось, за это время в Уфе появилась еще одна мечеть, потому порядковый номер запланированной изменился. В годы советской власти, когда мечети закрывали одну за другой, Пятая соборная оставалась действующей. В 1960-м пожар уничтожил верхний этаж, затем здание разрушили полностью, и сейчас на ее месте строят новую каменную мечеть.