Музей был создан в 1994 году, не имея при этом ни коллекции, ни здания. До 2001 года коллекции хранились в чужих фондах, выставки проводились на чужих площадках. Может быть, именно поэтому здесь утвердился новый для России подход: основной деятельностью музея стали культурные проекты. Самые известные из них — «Огниво Одина. История одного предмета», Форум визуального юмора «Карикатурум», постоянная выставка «Видевшие лицо Тарн», где археологические древности Холмогорского клада (III–IV века) помещены в современное медиапространство.