Конец XVI века, за власть борются две партии: консерватор Шуйский и новатор Борис Годунов. Обе партии хотят склонить на свою сторону царя Федора, но он не выбирает ни одну из сторон, а хочет их примирить. Царь — отнюдь не безвольный государь, он всей душой стремится к созиданию, объединению враждебных сторон, к гармонии. Однако эти попытки обречены на провал — разгорается война.
В пьесе «Царь Федор Иоаннович» Алексей Толстой исследует один из самых трагических моментов в истории Руси — начало страшной Смуты, постигшей государство и народ в начале ХVII века. Каким должен быть русский царь: тираном, как Иван Грозный, или милосердным правителем, как его сын Федор Иоаннович? Что лучше: кнут или пряник, приказ или дискуссия, насилие или примирение?