Время действия фильма: 2285 год. Энтерпрайз, корабль Звездного флота, возвращается обратно на Землю после конфликта с генетически усовершенствованным Ханом, который пытался уничтожить судно путем подрыва экспериментального устройства терраформирования. Адмирал Кирк переживает тяжелую потерю — смерть своего помощника и друга Спока. Одновременно с этим у его лучшего друга, доктора МакКоя наступает душевное расстройство. Ситуацию проясняет прибывший с Вулкана Сарек, отец Спока. По его словам, Спок жив и его разум помещен в тело МакКоя. Существует и способ помочь друзьям. Для его осуществления Кирк угоняет свой бывший корабль «USS Enterprise» и летит на планету Генезис, нарушая установленный на ней карантин. Одновременно к Генезису вылетает боевой клингонский корабль под командованием капитана Крюге. В фильме впервые последовательно используется специально разработанный клингонский язык.